یکی از  چالش های موجود گمرک تعدد مراجع سیاستگذار در بخش تجارت می باشد..تعدد قوانین و بخشنامه و دستورالعمل‌های حوزه تجارت بعضاً متناقض و مبهم بوده و خدمت رسانی در عرصه تجارت را با چالش جدی روبرو کرده است. تعدد قوانین و بخشنامه و دستورالعمل های ارسالی گاهی متناقض و مبهم بوده و خدمت رسانی در عرصه تجارت را با چالش جدی روبرو کرده است.

مطالعه ساختار و حکمرانی گمرکات سایر کشورها حتی کشورهای همسایه نشان می­دهد، به دلیل اهمیت جایگاه  تجارت و بازرگانی در هر کشوری گمرک نیز دارای ساختار مهم و برجسته در هر دولت به حساب می­آید که بدون شک در ساختار در هم تنیده سازمان ها و نهادهای همچون کلافی در هم پیچیده خواهد شد و بدون شک این در هم تنیدگی حاصلش چیزی جز بروز موانع متعدد و سردرگمی و اتلاف زمان و انرژی  نخواهد بود . گمرک ملزم به اجرای حدود ۴۵ قانون داخلی و ۱۵ کنوانسیون بین المللی است و اکنون در کشور ۲۵ رویه گمرکی وجود دارد و هر کدام فرآیند مخصوص به خود را دارند و بسیاری از آنها منجمله پیله وری، کوله بری، ملوانی در سایر کشورها وجود ندارد.به طور معمول در بیشتر کشورهای چهان بیش از چهار رویه گمرکی وجود ندارند.

بدون شک یکی از موانع بزرگ تجارت خارجی در کشور تعدد قوانین و مراجع رسیدگی در این حوزه است که علاوه بر آسیب زدن به استقلال سازمان گمرک کشور باعث پیچیدگی و زمان بر بودن فرآیند تجارت می­شود .

تجارت ایران برای نزدیک شدن به شاخص های بین المللی از جمله تسهیل، تسریع ،شفافیت و … نیازمند کوچک سازی و چابک سازی قوانین و مقررات است که از یک چارچوب مشخص و یک سازمان مستقل مقرر و اجرا گردد.